La trêve fragile entre Milan et Florence est mise à mal. Giuliano, le jeune frère dilettante de Lorenzo de Médicis, suggère de profiter de la fête de Pâques pour faire démonstration de puissance et charge Leonardo da Vinci, l'étoile montante du monde des arts, de créer un spectacle à la hauteur de l'événement. Da Vinci manoeuvre afin qu'on lui confie le portrait de Lucrezia Donati, la maîtresse de Lorenzo. Pendant ce temps, le pape Sixte IV entend parler de la réussite du projet d'assassinat du duc de Milan et du brillant ingénieur militaire engagé par Lorenzo. Leonardo est intrigué par un mystérieux Turc qui vient d'arriver à Florence.

Léonard poursuit sa quête du Livre des Feuilles alors que le neveu du Pape, Girolamo Riario, arrive à Florence dans le dessein de découvrir ce qu’il sait du Livre. Les machines de guerre conçues par Léonard pour les Médicis sont un échec qui provoque d’autant plus leur fureur que l’influence de Rome croît chaque jour. Riario rencontre secrètement son espion à la cour des Médicis. Vaincu par Léonard, Riario retourne à Rome pour rendre compte des prouesses de Léonard et de la puissance de Florence.

Riario s'entretient de son échec avec le Pape Sixtus, ainsi que d'un mystérieux prisonnier détenu dans les geôles du Vatican, un homme en qui il semble avoir toute confiance. Lorenzo apprend qu'un foyer de possessions démoniaques s'est déclaré dans un couvent des environs. Rome en attribue l'origine au manque de piété des Médicis et Giuliano est chargé de se rendre sur les lieux pour résoudre le problème. A son arrivée, il trouve Léonard utilisant ses connaissances scientifiques pour trouver une explication rationnelle à ce phénomène. Pendant ce temps, la recherche de l'espion des Medicis s'intensifie.

Giuliano se heurte à Lorenzo au sujet de l'arrestation de Becchi, accusé d'être un espion à la solde du pape. Le conflit entre Rome et Florence s'intensifie à mesure que les deux armées se font face. A la tête des troupes papales, Riario somme Lorenzo de se rendre, mais Leonardo dévoile sa dernière arme et dissuade les ennemis d’attaquer. Dans sa prison, Becchi reçoit un visiteur et est un cadeau. Lorenzo organise une fête en l'honneur de Leonardo pour célébrer leur victoire sur Rome, mais elle est interrompue par les Officiers de la Nuit (à la demande des Pazzi) qui arrêtent da Vinci accusé de sodomie...

Sachant que les accusations portées contre Léonard de Vinci sont une attaque de Rome, Lorenzo commande à Piero da Vinci d’assurer la défense de son fils malgré leurs rapports conflictuels. Le roi Ferdinand d’Espagne et son épouse la très pieuse Isabelle rencontrent Lorenzo pour parler des finances de leur royaume. Pendant leur séjour à Florence ils assistent à un spectacle théâtral mis en scène par Giuliano. Au cours de la représentation Léonard renverse la situation, obligeant le juge corrompu à abandonner ses accusations. En rentrant à son atelier Léonard de Vinci a la surprise d’y trouver le Turc.

Le Turc envoie Léonard à la recherche de l'Abyssinien qui possède des indices sur le Livre des Feuilles.Accompagné de Zoroastre et Nico, Léonard se rend en Valachie pour voir Vlad Dracula, aussi connu sous le nom de Vlad l'Empaleur, qui retient prisonnier l'Abyssinien. A Florence, Lorenzo et Piero rencontrent le Duc d'Urbino pour forger une alliance stratégique, tandis que Giuliano, déterminé à découvrir le véritable espion, s'emploie à prouver l'innocence de Becchi. Léonard affronte Dracula et finit par découvrir un nouvel indice concernant le Livre des Feuilles.