Les jeunes ninjas affrontent des tribus de serpents, menées par Pythor, dangereux et manipulateur, libérées par le fils du Seigneur des Ténèbres.

Tandis que les ninjas cherchent un dojo pour entraîner Lloyd, Lord Garmadon brandit l'arme suprême qui réveille d'effroyables pirates.

Les ninjas transforment un vieux moulin en une forteresse pour se protéger.

Alors que les ninjas se creusent la tête pour élucider l'énigme de Sensei Wu, Lloyd, sur les conseils de son nouvel ami Pythor, décide de leur tendre un piège en envahissant le pensionnat des mauvais garçons.

Les ninjas doivent à tout prix se rendre aux deux derniers tombeaux avant Pythor. Ils n'ont plus le plan des repaires mais grâce à Nya, ils arrivent tout de même à s'y rendre. Ils s'aperçoivent que Pythor est déjà passé avant eux.

Pythor découvre la cité perdue d'Ouroboros où se trouve le grand dévoreur. Il arrive à réunir tous les serpents. Lloyd est au courant de ses plans et se rend lui aussi dans la cité, déguisé en serpent. Il se fait repérer et est retenu prisonnier.