In questo nuovo cartone animato Scooby-Doo e la sua gang si trovano alle prese con la più elettrizzante avventura di tutti i tempi. Essi vengono infatti incidentalmente proiettati in un video game altamente tecnologico, basato sulle loro misteriose investigazioni, dove cercheranno di catturare il virus fantasma. Lanciata alla ricerca del virus attraverso gli incredibili dieci livelli del gioco, la gang viaggia dall'era preistorica a quella futura, incappando in un'orda di canaglie virtuali già incontrate nelle loro più famose avventure. Da far rizzare i capelli!