Sono passati tre anni dalla sconfitta di Malomyotismon. Taichi Yagami (Tai) è ora diciassettenne e frequenta il liceo, ma lui e gli altri prescelti, ad eccezione di Yamato (Matt) e Sora, ultimamente si sono un po' persi di vista, ognuno troppo preso dai propri impegni quotidiani, tanto che quando Tai chiede a tutti loro se potranno assistere alla sua prossima partita di calcio nessuno si dice disponibile. Contemporaneamente, in città, cominciano a verificarsi strani blackout e problemi alle linee telefoniche, e la domenica della partita, poco prima del calcio d'inizio, un Kuwagamon compare dal nulla iniziando a seminare il panico per tutta Odaiba. Taichi, nel tentativo di proteggere i civili inermi, attira su di sé l'attenzione del digimon, rendendosi però ben presto conto di come lui da solo non possa fare nulla per contrastare il nemico. Fortunatamente, all'ultimo momento, Agumon giunge in suo aiuto, digievolvendo in Greymon e dando vita ad un acceso conflitto che, tramite una serie di portali digitali apparsi apparentemente senza motivo, si sposta fino all'aeroporto internazionale di Haneda. Taichi, portato a sua volta all'aeroporto dal suo professore, il signor Nishijima, sembra però aver perso il coraggio e la determinazione del passato, sconvolto dalla vista di ciò che può realmente produrre uno scontro tra digimon; la sua paura finisce inevitabilmente per riflettersi su Greymon, che infatti alla fine ne esce sconfitto. A peggiorare le cose giungono altri due Kuwagamon, ma fortunatamente gli altri prescelti (compresa Mimi, appena tornata dagli Stati Uniti, e con l'eccezione di Joe), convocati e scortati da misteriosi uomini in nero, arrivano in suo aiuto coi rispettivi partner, e ne nasce un acceso confronto. Due dei tre nemici vengono sconfitti, mentre il terzo, un attimo prima che possa infliggere il colpo di grazia a Garurumon, viene afferrato da una enorme mano oscura e trascinato a forza dentro un altro portale, che si richiude immediatamente. Gli uomini in nero, passata la crisi, riportano i ragazzi a casa, e il giorno dopo, mentre l'opinione pubblica giapponese, memore degli attacchi del 1999 e del 2002, si mostra reticente e sospettosa nei confronti della ricomparsa dei digimon, nella classe di Taichi, Yamato e Sora arriva una nuova studentessa, Meiko Mochizuki, originaria di Tottori, che tenta a più riprese di avvicinarli senza però trovare mai il coraggio di farlo. Koshiro scopre che dietro a tutti questi eventi vi è la comparsa di strane anomalie nello spaziotempo di natura ancora ignota, ed esorta i suoi compagni a prepararsi a nuove, inevitabili battaglie, creando uno speciale programma informatico che permette a tutti loro di portare costantemente con sé i propri digimon all'interno di un qualunque dispositivo elettronico. Taichi, però, mostra di non essere più quello di una volta, troppo preoccupato delle potenziali conseguenze tragiche delle battaglie contro i digimon infetti per combattere a cuor leggero come in passato, e la cosa crea inevitabili contrasti con Yamato. Quella sera, mentre Sora, Mimi e Hikari si concedono un po' di libera uscita assieme ai propri partner, Taichi e Yamato si recano dal professor Nishijima in cerca di risposte; questi afferma di fare parte di un ente speciale dei servizi segreti giapponesi creato su consiglio di Gennai per fare fronte alla comparsa, improvvisa quanto inspiegabile, di questi digimon "impazziti", nati senza apparente motivo in una regione dello spaziotempo estranea sia al mondo reale che a quello digitale. Per cercare di individuare le anomalie, Koshiro (Izzy) modifica gli occhiali da motociclista di Taichi, tramutandoli in speciali localizzatori dimensionali, ed il giorno dopo assieme al resto del gruppo (fatta eccezione, ancora una volta, per Joe) viene condotta una prima ricerca, che ha come risultato la scoperta di una gigantesca anomalia proprio sopra Odaiba. Purtroppo, prima che i ragazzi possano fare qualcosa, l'anomalia si trasforma in un portale da cui esce Alphamon, che si rivela fin da subito troppo potente per poter essere combattuto. Taichi, dopo un duro confronto con Yamato, decide quindi di assumersi nuovamente le proprie responsabilità di prescelto, e a quel punto Agumon e Gabumon si uniscono per ricreare nuovamente Omnimon, il quale dopo una dura lotta costringe Alphamon alla ritirata. Nel mezzo della battaglia, poi, i ragazzi salvano anche la vita a Meiko, che passata la minaccia rivela di essere a sua volta una prescelta assieme al suo partner digimon, Meicoomon; tuttavia, mentre Taichi e gli altri accolgono amichevolmente la loro nuova compagna, sia i servizi segreti che lo stesso Alphamon sembrano avere un interesse particolare per Meiko e Meicoomon.