Una notte a New York, Logan salva un uomo di nome Tesshin Asano che viene aggredito. Asano racconta a Wolverine del suo amore scomparso, Mariko Yashida, e dell'organizzazione criminale Kuzuryu, guidata dal padre di Mariko, Shingen. Mariko è presumibilmente sposata con un uomo di nome Hideki.

Hideki spara a Logan con un farmaco per rallentare la sua guarigione. Logan perde il combattimento e viene portato via. Asano cerca di salvare Logan ma lo scopre sparito. Logan si risveglia curato da un assassino di nome Yukio. Logan va a fornire delle prove ad Asano ma trova Asano pugnalato. Arriva la polizia.

La lotta tra Logan e Kikyo fa arrivare altri poliziotti, che distruggono l'area. Kikyo fugge mentre Logan si ritira. Mariko guarda suo padre praticare il kendo, sorridendo quando Hideki dice a suo padre Logan è vivo. Yukio e Logan cercano una pista e trovano membri del clan Yashida che stanno scaricando un carico segreto da una nave attraccata. La polizia aspetta di intercettare il carico.

Logan combatte l'Omega Red, i cui viticci in carbonadio assorbono forza vitale. In un flashback, Logan si infiltra per rubare la fonte di energia di un'arma sovietica. Incontra degli ostacoli mentre lo ruba.

Logan si libera dalla presa di Omega Red e la loro lotta si riversa sulla strada. Altrove, Shingen porta Mariko a Madripoor con un jet privato. Yukio lancia la sua lama ad anello contro Omega Red, che Logan usa per recidere il braccio destro di Omega Red e sconfiggerlo. Logan scopre che Mariko partirà presto per Madripoor, quindi estrae un faro degli X-Men.

Logan presenta Yukio ai Ciclopi mentre si recano a Madripoor. Ciclope torna quindi a casa. Yukio e Wolverine subiscono un'imboscata dai pirati, che sconfiggono facilmente. Logan lascia Yukio a occuparsi dei pirati da solo. Di notte, quando Logan raggiunge un'altra battigia, dei vagabondi lo attaccano, solo per rimanere scioccato dal suo potere.