Jubilee viene attaccata da robot chiamati Sentinelle in un centro commerciale locale, ma viene salvata da Tempesta e Rogue e portata in sicurezza alla X-Mansion. Gli X-Men scoprono che il gruppo a capo del Programma di Registrazione Mutanti vuole rintracciare ed eliminare la loro specie. Più tardi, gli X-Men scovano la base delle Sentinelle e vi si introducono per distruggere i fascicoli sui mutanti. La fine dell'episodio lascerà col fiato sospeso: Tempesta apre la porta di una stanza in cui si nasconde un gruppo di soldati armati pronti a tendere un'imboscata agli X-Men.

Wolverine fiuta l'olio per fucile dei soldati e chiude subito la porta prima che questi aprano il fuoco. Tempesta spazza via le guardie con il suo potere: il vento. Dopo aver distrutto i fascicoli sui mutanti, gli X-Men scappano sul Blackbird, ma vengono fermati dalle Sentinelle. Durante lo scontro, Morph viene colpito e dato per morto. Quando Bestia viene scaraventato sulla recinzione, folgorato e catturato, gli altri si ritirano sul Blackbird per ordine di Ciclope. Jubilee decide che è meglio restare alla X-Mansion.

Magneto distrugge una centrale chimica per attaccare il Professor X. Ciclope, Rogue, Tempesta e il Professor X si recano alla centrale, mentre Jubilee resta a sorvegliare Sabretooth. Il Professor X entra nella centrale per affrontare Magneto. Ma, proprio quando Magneto sembra avere la meglio, il Professor X lo costringe telepaticamente a ricordare il suo passato, mandandolo in panico. Intanto, alla X-Mansion, Sabretooth fa un verso di repulsione alla vista del senatore in TV e Jubilee nota un problema alle legature intorno ai suoi polsi. Dopo averle allentate, Sabretooth la cattura, ma Wolverine salta fuori dall'ombra e lo attacca. Lo scontro viene interrotto dal ritorno del Professor X e degli altri X-Men.

I Morlock, un gruppo di mutanti, catturano Jean e Ciclope. Callisto, capo dei Morlock, ha rapito Ciclope perché governi i Morlock al suo fianco. Jean usa i suoi poteri telepatici e comunica al Professor X il loro rapimento. Wolverine, Gambit, Rogue e Tempesta vanno a cercarli. Quando gli X-Men trovano Jean e Ciclope, Tempesta sfida Callisto per la leadership dei Morlock, nel tentativo di salvare Ciclope e Jean. Callisto non può che accettare la sfida. Dopo una breve lotta, Tempesta sconfigge Callisto e diventa il nuovo capo dei Morlock, ma, avendo risparmiato Jean e Ciclope, nomina Callisto capo in sua assenza.