シーズン11、エピソード1: スカリーが意識不明に陥り、恐るべき事態が起きる幻覚を見る。彼女はその幻覚が、息子ウィリアムが伝えてきた未来の出来事だと知り、それが起きるのを防ぐため、モルダーにスモーキング･マンを探すよう訴える。また、モルダーの異母弟ジェフリーは謎の集団に襲われ、彼らがウィリアムを捜していることを知り、スカリーにそれを伝える。一方、モルダーは尾行車を逆に追跡し、スモーキング･マンとは別の新たな陰謀組織の存在を知る。