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胸にドラゴンの形をしたアザを持つ総合格闘技の選手のコール・ヤングは自らの生い立ちを知らぬままお金のために戦う日々を送っていたが、ある日、魔界の皇帝シャン・ツンがコールを倒すために放った最強の刺客であるサブ・ゼロに命を狙われる。コールは家族の安全が脅かされることを恐れ、特殊部隊少佐ジャックスに言われるがまま同じく特殊部隊所属のソニア・ブレイドという女性戦士と合流し、地球の守護者であるライデンの寺院を訪れる。そこで太古より繰り広げられてきた世界の命運を懸けた格闘トーナメント“モータルコンバット”の存在と、自らが魔界の敵たちと戦うために選ばれた戦士であることを知る。コールは新たな仲間たちとともに、自らの秘められた力を解放し、家族、そして世界を救うことが出来るのか？