地球を脱出してから1000年後、人類は新たな星ノヴァ・プライムへと移住していた。伝説の戦士サイファ(ウィル・スミス)と、父・サイファへ憧れを抱きながらも過去の悲劇から、父と距離をおく息子キタイは共に宇宙への任務に出ていた。しかしその途中 、小惑星嵐に見舞われ宇宙船が大破、緊急発信器を載せた船の後部と船体はばらばらになり、“隔離惑星”と警告される、ある星へ墜落した。生存者はサイファとキタイの2人のみ。不時着した惑星は、なんと1000年間の時を経て、人類を殺すよう独自に進化した“地球”だった。重症を負ったサイファの必死の指示のもと、ビーコンを捜す命懸けの旅に出るキタイ。予期せぬ“危険”が次々と2人にふりかかる――。