シャークネードの猛威に襲われたロサンゼルスは、フィンとエイプリルの活躍によって平和を取り戻していた。有名人となった2人は、フィンの家族と会うためにニューヨークへと旅立つ。しかし、彼らが乗り込んだ航空便に、突如乱気流が襲い掛かる。突風と共に機体にぶち当たった物体は、獰猛なサメであった。さらに無数のサメが竜巻に呑み込まれ、勢いを増しながらニューヨークへと向かって行く。まさしく、シャークネードの再来であった…。