ワシントンでのシャークネードとの戦いから5年。妻エイプリルを亡くしたフィンは、カンザスの牧場で幼い息子と暮らしていた。一方、巨大テクノロジー企業アストロX社は、科学者のレナルズによって天候安定システムを開発。竜巻の発生を未然に防ぐ装置により、ここ5年間のシャークネードの発生件数はゼロとなっていた。世界が平穏を取り戻す中、フィンは長男のマットに会うためにラスベガスへと向かう。待ち合わせ場所は、サメが泳ぐ巨大な水槽がウリのシャークワールド･ホテル。フィンが久々の再会を待ちわびる中、起こるはずのない竜巻がラスベガスの中心で発生し…。