突如として世界各地に現れ、地上から人々を吸い上げていく未確認飛行物体。軍隊の攻撃も空しく、地球はわずか3日間で征服された。しかし、人類反撃の希望は僅かに残されていた。 息子のトレント（ジョニー・ウエストン）と共に宇宙船に吸い込まれたLA市警の刑事マーク（フランク・グリロ）は、人間の心を残したままエイリアンになったジャロッドとの共闘により宇宙船を破壊することに成功した。 内戦が続くラオスに墜落した宇宙船から、生まれたばかりのジャロッドの娘、ローズと共に脱出したマークは、反政府組織のボス、スア（イコ・ウワイス）のアジトに身を潜める。 そんな中、エイリアンに対抗する手がかりを見つけだした彼らだったが、アジトは大量のエイリアンに囲まれていた！いま、地球の支配者の座を賭けて、残されたわずかな武器と肉体を駆使した最終決戦が始まろうとしていた......