世界の危機を救ったカルメンとジュ二は、今や正真正銘のスパイキッズとして活躍中。新たなミッションは、奪われた秘密兵器〈トランスムッカー〉を悪の手から取り戻すこと！最新スパイグッズを装備し、敵が潜む謎の島へ向かうカルメンとジュ二。だがその島には天才科学者がＤＮＡ操作して生み出した巨大生物たちの姿が！さらにライバルキッズも登場し、彼らの行く手を阻む。どうするカルメン&ジュ二!?