人類への復讐心から地上を魔物の世界へ変えようと企む “ブラッドクイーン”こと最強の魔女ニムエ (ミラ･ジョヴォヴィッチ)。極秘の超常現象調査防衛局 (B.P.R.D.) の最強エージェント･ヘルボーイ (デヴィッド･ハーバー) は、地球を守るべく決死の戦いを挑むが、彼女の魔力により世界を滅亡させてしまうほどのパワーを手にいれてしまう。世界は終焉を迎えるのか? ヘルボーイの運命は? やがてバトルは天変地異へとエスカレートする―。