旅をするサトシたちの前に、空から突然大きなポケモンが降ってきた！それは幻のポケモン・ボルケニオン。人里離れた"ネーベル高原"で、人間に傷つけられたポケモンたちと暮らすボルケニオンは、人間たちのことが大嫌い。急いで立ち去ろうとするボルケニオンだが、なぜかサトシと不思議な鎖で繋がってしまった！