愛する女性マリーを殺され、未だ記憶も戻らぬままに孤独な闘いを続けていたジェイソン･ボーン。英国の大手新聞ガーディアンの記者ロスは、CIAの極秘計画である“トレッドストーン”の進化系“ブラックブライアー”の手がかりを追っていた。CIAの内部告発も絡むこの記事を追い、ボーンはロスの前に姿を現すがロスは公衆の面前で射殺されてしまう!