あと数時間もすれば、人類最後の都市ザイオンは、人類滅亡をプログラムされた25万のセンチネルに侵略されてしまう。だが、モーフィアスの信念に揺るぎはなかった。オラクル（預言者）の預言では、救世主がマシンとの戦いに必ず決着をつけてくれる---人類の未来と希望は、救世主として覚醒したネオに託された！ネオ、トリニティー、モーフィアスの3人は驚異の肉体と武器を携え、この戦いに終止符を打つべくマトリックスへ乗り込む。ネオはマシン軍団に包囲されたザイオンを救うべく、その超人力を全開させた。ウォシャウスキー兄弟とジョエル･シルバーの放つマトリックスの世界観はさらなる進化を遂げ、マトリックスの秘密はさらに深みを増した。驚愕のラストは、3部作を完結へと導く最終章=『マトリックス レボリューションズ』へと続いていく。