全てのポケモンの“はじまり”と言われる幻のポケモン・ミュウ。世界中のポケモン研究者が行方を追うなか、ついに一人の科学者がミュウの化石を発見し、それを元に神をも恐れぬ禁断の行為に手を染めてしまう。ついに、あの完全不朽の名作がフル３ＤＣＧ映像で、世界中にSTRIKES BACK！！