突然変異で人間並みに巨大化した4匹のカメ、レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロは、ネズミの師匠スプリンターのもとで忍術を学び、ニューヨークの下水道で暮らしていた。街では謎の犯罪組織が暗躍し、窃盗や強盗が頻発する。人気TVキャスターのエイプリルが犯罪現場で襲われた際、カメたちが彼女を救う。調査の結果、組織はフット団という忍者軍団と判明。カメたちはエイプリル、正義感あふれる青年ケイシーと共に、悪の組織に立ち向かう。