ミケランジェロ、ドナテロ、レオナルド、ラファエロの4人組が帰ってきた。エイプリル・オニール、新たな仲間ケイシー・ジョーンズと共に、強大な敵に再び立ち向かう。脱獄した極悪人シュレッダーが、おバカなコンビ、ビーバップとロックステディを手下に加え、世界征服計画に乗り出した。一味を倒そうと動き出すタートルズ。しかし彼らの前に立ちはだかったのは、さらなる脅威、同じく世界征服を目論む悪名高きクランゲだった。