悪の犯罪組織フット軍団が暗躍するニューヨーク。ある日、特ダネを狙うTVレポーターのエイプリルは、何者かがフット軍団の犯罪を阻止している姿を目撃する。その正体は、身長180センチでニンジャの技を炸裂させる4人のカメ=タートルズだった!エイプリルは彼らの存在を報道しようとするが……。