巨大迷路を脱出し、自分たちを操っていた組織の存在を知ったトーマスたち。逃げ込んだシェルターでは、仲間たちがその組織によって人体実験をされているという、さらなる驚愕の事実を知ってしまう。命の危険を察し脱出を試みるトーマスたち。しかし建物の外には、太陽に灼きつくされすべてが崩壊した砂漠のような光景が広がっていた。迫りくる組織の捜索隊、そして新たな敵。あちこちに仕掛けられた攻略不能のトラップ=罠。仲間との友情と裏切り、深まる謎、そして衝撃の犠牲。走り続けるトーマスが知る禁断の事実とは――!?