ボードレール家のヴァイオレット、クラウス、サニーの三姉弟妹は裕福な両親の元、何不自由なく暮らしていた。長女ヴァイオレットは発明の天才。長男クラウスは読んだ本をすべて暗記している。末っ子サニーは噛むのが得意で、どんなものも噛み付いたら離さない女の子。彼らの不幸は自宅が火事で全焼し、両親を亡くしたことから始まった。身寄りのない三人は、遠縁の親戚・オラフ伯爵に引き取られるが、伯爵は欲張りな悪人で、三人に残された巨額な遺産を横取りしようと画策していた。伯爵が次々としかける災厄を、三姉弟妹は知恵と勇気ではねのけていくが……。果たして、ボードレール三姉弟妹に幸せな日々は訪れるのか？