少年ウィリーとその両親を乗せた惑星調査船は、突然、小惑星に衝突し爆発してしまう。ウィリーは両親の助けで運よく脱出出来たが、カプセルには彼ひとり、両親とは離ればなれになってしまう。やがてウィリーを乗せたカプセルは、人類未踏の惑星に不時着、宇宙の遥かかなたで、ウィリーはひとりぼっちになってしまう。カプセルに搭載されていたサバイバル・ロボットの助けもあって、ウィリーは救助隊の到着を待つことに。岩石モンスター、猛毒植物など、多くの危険に遭遇しながらもなんとか生き抜くウィリー。更に彼はサバイバルをしながらも父からの教えを守り、未開の地で新種生物の写真を集め始める。すると、ウィリーの前に可愛らしい謎の生物が現れた。ウィリーは彼をフラッシュと名付けるのだが…。