ソドーレスキューセンターが完成して、新しくやってきた仲間のベルとフリンにトーマスはすっかり夢中になってしまいます。パーシーはそんなトーマスが自分の相手をしてくれなくなり寂しくなってしまいます。そんな時、ディーゼルに「お前さんなら特別なお客さんだ」と誘われ、ディーゼルたちの整備工場に行くと、そこで待っていたのは恐ろしいディーゼル10でした。ディーゼル10のたくらみとはいったい…。