白色彗星帝国との死闘から一か月後。ガミラス星へ帰還したデスラーは、地下物質を無断採掘する謎の勢力を発見し交戦する。その結果、ガミラス星は爆発し消滅、双子星のイスカンダルも巻き込まれ引力のバランスを失ってしまう。イスカンダルの危機を知ったヤマトは、イスカンダルへ向かう。