全寮制の名門鳳学園に転校してきた、天上ウテナ。ある事件をきっかけに、志高く生きる決心をし、その決意から男装するようになった少女だ。「薔薇の花嫁」と呼ばれる謎めいた美少女、姫宮アンシーと出会った事をきっかけに、ウテナは「世界を革命する力」を奪い合う決闘ゲームに巻き込まれる。