地球を狙う謎の敵の攻撃によりハヤトの父・ホクトが行方不明に…。しかしそこに時空を超えて9歳のホクトがやってきた!?地球を守り、元の世界に戻るため、ホクトは新型シンカリオンALFA-Xの運転士として、ハヤトたちと共に敵に立ち向かう。