世界情勢混乱により完全に二極分断していた、ウエスタンブロックとイースタンブロック。両国の勢力が拮抗する太平洋上の軍事境界エリアJ国は両国のスパイがはびこる情報戦の主戦場と化していた。この国に設置されたウエスタン・ブロックの特殊組織「ゼロゼロ機関」が作り出したミレーヌ・ホフマン=通称0091【ゼロゼロナインワン】。サイボーグ化されたエージェントであるミレーヌの任務はウエスタン・ブロックのスパイとしてあらゆる場所に潜入、諜報活動、破壊工作を実行してウェスタン・ブロックを勝利に導くこと。ミレーヌは、移民の奴隷売買を摘発するミッションを遂行中、移民の青年クリスと出会う。ミッションは成功するが、彼の吹いていた口笛のメロディが耳から離れない。そして次なる指令がゼロゼロ機関のボス・020【ゼロトゥエンティー】からミレーヌに下された。「Dr.クラインを奪還せよ」。博士が自分の母親のようなものと聞いて戸惑うミレーヌ。迫り来るイースタンブロックのエージェントからDr.クラインを奪還できるのか。失われたミレーヌの記憶は戻るのか。謎の女サイボーグの狙いは?秘密裏に進められているファウストプロジェクトとは一体・・・そして・・・明かされるクリスの正体とは?