開始5分で全滅！？最強チーム“G.I.ジョー”絶体絶命！米国大統領が発した信じられない司令。それは世界を守ってきた最強の機密部隊G.I.ジョーの暗殺だった。訓練中に奇襲攻撃を受け、生き残ったのはわずか数名。そして、大統領が企む世界侵略計画とはいったい?最強の暗殺者ストームシャドーの復活で、再び勢力を拡大するテロ組織コブラ。ロードブロック（ドウェイン・ジョンソン）率いる新生G.I.ジョーがかつてない最強のリベンジに挑む！