ある日、どこからともなく海老栖川高校に謎のメイド、エリザベス・マーガレットが侵入して来た。天悶部の部室にまで侵入しようとしたエリザベスをいとも簡単に策にかけ、捕獲する響子。捕まえたエリザベスの話を聞くと、どうやら彼女は誰かを探しに天悶部に来た様子。また響子とも知り合いで、ただならぬ因縁があるようだが…。一体エリザベス・マーガレットは何者なのか?そして彼女の真の目的とは!?

天悶部内で唯一の常識人、廣松理圭。普段はクールな性格だが、猫を前にすると狂喜乱舞してしまうようで、猫先生にも悶絶。時を同じくして海老栖川高校では女子生徒が突如失神して発見されるという｢連続女子生徒失神事件｣が問題となっていた。事件の犯人を捜していく内に、天悶部関係者が関与していることが明らかになって来る。この珍事件の犯人は一体…。

執拗に天悶部を廃部に追い込もうとする生徒会長、伊勢田結花。実は彼女は天文部設立時のメンバーで、しかも部長だった!?なぜ元部員だった伊勢田が天文部を廃部に追い込もうとするのか?今、副部長 大庭と 元部長 伊勢田の過去が明らかになる。