神南大学工学部建築学科3年の西之園萌絵（武井咲）は、同学科の准教授の犀川創平（綾野剛）に、ある報告をした。“もっとも神に近い人間”と犀川も絶賛する天才プログラマーの真賀田四季（早見あかり）に、面会して来たというのだ。四季は、事情により幽閉されているが、萌絵は、県知事の叔母に頼んで面会にこぎつけた。 犀川がそれをうらやんでいると、助教の国枝桃子（水沢エレナ）がやって来る。犀川は国枝に、これから同大学の極地環境研究センターに出かけると話す。犀川に好意を持つ萌絵は、一緒に付いて行く。 ふたりを迎えた工学部土木工学科准教授の喜多北斗（小澤征悦）の案内で、萌絵と犀川はマイナス20度の低温実験室を見学する。その後、土木工学科教授の木熊京介（平田満）に誘われ、ふたりは実験終了の打ち上げに参加。そこには、木熊や助教の市ノ瀬里佳（市川由衣）を始め、複数の学生もいた。 打ち上げは始まったが、なんと実験室の隣室で萌絵の先輩の服部珠子（吉谷彩子）が、さらにその隣室で丹羽健二郎（菊田大輔）が殺害されていた。 駆けつけた警察により、喜多らは事情を聞かれる。萌絵と犀川もそこにいたが、刑事の鵜飼大介（戸次重幸）によって帰宅を許される。驚く現場の刑事に鵜飼は、萌絵が県警本部長の西之園捷輔（吉田鋼太郎）の姪だと明かす。すると、突然萌絵が、犯人の逃走経路について話し始め・・・。

何者かにより低温実験室に閉じ込められた萌絵（武井咲）は、犀川（綾野剛）に救助され一命を取り留める。集中治療室に運ばれた萌絵の元へ、叔父の捷輔（吉田鋼太郎）がやってくる。捷輔は犀川に、萌絵が事件のことを調べているのは、犀川に認められたいからだろう、と話した。 翌朝、一般病棟に移った萌絵のそばには犀川がいた。犀川は萌絵に、犯人の目星が付いているだろう、誰だと思うか、と聞く。萌絵は、犀川の推察と同じだと答え、自分の代わりにそれを確かめて来てほしいと頼む。 同じ頃、極地環境研究センターに里佳（市川由衣）が出勤して来る。早い出勤に驚く守衛に里佳は、出張先から直接戻ったのだ、と明かした。 その頃、研究センターに着いた犀川は、悲鳴を聞いて建物に駆け込む。なんと木熊（平田満）が倒れていて、隣では里佳が震えていた。 刑事の鵜飼（戸次重幸）は、同じ場所から4つも遺体が出るとはと、ため息をもらす。犀川は、そんな鵜飼から情報を収集し考察を重ねる。さらに喜多（小澤征悦）に、亡くなった増田のパソコンに残された「shika」というフォルダについて聞くと、喜多は、誰かの登録名では、と答える。 研究室に戻った犀川は、桃子（水沢エレナ）から、犀川のパソコンのセキュリティーが何者かによって破られていたことを聞く。やがて犀川は誰かにメールを打つ。手法はすべて自明――、と書き始めた相手は、shikaだった。

萌絵（武井咲）は犀川（綾野剛）を誘い、香山という一家が暮らす日本家屋にやってくる。名目は「歴史的建造物の調査」だが、萌絵の興味は香山家に伝わる壺と匣（はこ）にあった。鍵のかかった匣には対となる壺があり、中に鍵らしきものが入っているがそれを取り出すことはできない。50年前、当主で仏画師の香山風采の死亡事件が起こったとき、壺に風采の血痕が付着していた。それを見た警察が匣を開けようとしたが、息子で同じく仏画師の林水がそれを拒んだという。 いわく付きの壺と匣を見たい萌絵は、犀川とともにそれが置かれている蔵まで来るが使用人に制される。それでも粘る萌絵を、現在の当主・香山林水（横内正）の妻であるフミ（真野響子）が厳しく制した。 別の日、萌絵、犀川、萌絵の叔父・捷輔（吉田鋼太郎）がレストランにいると、林水の長女で漫画家のマリモ（原田夏希）がやってくる。捷輔の妻が風采の画が好きだったことから、捷輔はマリモと知り合ったという。 マリモの取り計らいで再び香山家を訪ねた萌絵と犀川は通された客間でマリモを待つが、約束の時間を過ぎてもマリモは帰宅しない。やがて萌絵が部屋を出ようと襖を開けると、蔵の方から叫び声がした。萌絵と犀川が駆けつけると、フミら一族が集まっていた。蔵の中に大量の血痕があったが、そこにいるはずの林水の姿はなかった。しかし、そばにはあの壺と匣があり、白い壺の表面には血痕が・・・。

萌絵（武井咲）は、大広間に集まった香山家の人々に病院から失踪したマリモ（原田夏希）が、林水（横内正）の死に関連している可能性があると切り出した。一方、犀川（綾野剛）は一人、部屋の隅にいた。 また、刑事の鵜飼（戸次重幸）は、屋敷の裏門付近にマリモのタバコの吸い殻が落ちていたこと、さらに、林水の息子・多可志（髙橋洋）が屋敷を売却しようとして林水に反対されていたことを挙げ、疑いの目を向ける。多可志は、この家は呪われているから売却したほうがいいのだ、とつぶやく。 その後、萌絵と犀川は、ヒーローのおもちゃで遊ぶ多可志の息子・祐介（髙橋來）に声をかける。ヒーローは強いのかと聞く萌絵に、祐介は「もういない」と答える。不思議に思った萌絵は外れていた電池をヒーローにはめてやる。動き出したヒーローを見た祐介は「いた」と答えた。そのやりとりを見ていた犀川は、何かに気づく。 後日、萌絵が再び香山家にやって来ると、犀川が蔵を観察していた。犀川は萌絵に、蔵がウェザリングという技法で古く見えるように塗装されているが、内部にはシリコン素材が使われていて密閉空間になることを教えた。画を湿気から守るためとはいえ、かなりの手間がかかる改装をした理由を、芸術家だからだろう、と犀川は推測した。そんな時、中庭から悲鳴が聞こえた。萌絵と犀川が駆け寄ると・・・。

西之園萌絵（武井咲）と犀川創平（綾野剛）は、ゼミ旅行と称して真賀田四季（早見あかり）の研究所がある島へやってくる。 15年前、当時14歳だった四季は両親を殺害した容疑で裁判にかけられるが、心神喪失が認められ無罪となっていた。天才プログラマーとしてその名をはせた四季の事件は、世間を大きく騒がせた。以来、四季は研究所にこもり、一度も外出していないという。 特別な許可を得て研究所を訪ねた萌絵と犀川は、不在の所長・新藤清二（冨家規政）に代わり副所長の山根幸宏（利重剛）から最新鋭の管理システムについて説明を受ける。そこへ、四季からの緊急コールが入った。地下にいる四季の部屋へと駆けだした山根に続き、萌絵と犀川も走り出した。 四季の部屋の前室は、警報音が鳴り響きパニック状態に陥っていた。部屋に入りたいが、システムエラーで扉が開かないという。そこへ、清二の妻で四季の叔母の新藤裕見子（藤吉久美子）が現われる。扉を壊して進入するしかないというスタッフに、裕見子は清二の許可がいるとちゅうちょする。 そのとき、警報音が止んで照明が明滅し始める。主任プログラマーの島田文子（山田真歩）が確認するが原因はわからない。すると今度は、ロックが自動で解除されゆっくりと扉が開き始めた。暗闇の中、萌絵らが目を凝らすと、ウエディングドレスのような白い服を着た人影がいて・・・。

西之園萌絵（武井咲）と犀川創平（綾野剛）は、真賀田四季（早見あかり）を殺害した犯人が、コンピュータシステムで厳重に監視されている研究所の中にどうやって侵入し、どこへ消えたのか、手がかりをつかめずにいた。 そんな折、主任プログラマーの島田文子（山田真歩）が、翌朝10時に記者が所長の新藤清二（冨家規政）を訪ねて来る約束になっていることを突き止める。記者は船で来るため、その時間に港に行けば外部と連絡を取ることができる。しかし、副所長の山根幸宏（利重剛）は明日を待たずに、コンピュータのオペレーションを別のシステムに切り替え、通信を復旧させることを決めた。そうすればすぐに警察にも通報できるが、山根は萌絵と犀川に四季が殺害されたことは黙っていてほしいと頼む。四季の死は研究所の死を意味するから、四季の妹の未来（早見あかり）を代役に仕立てることで、研究所を維持するつもりだと言う。 その後、監視室のモニターで監視カメラの映像を見ていた萌絵があることに気づく。四季の遺体が台車ロボットに乗って現われた時、エレベーターの階数表示は萌絵らがいた地下の「B1」になっていたが、その直後、システムの強制再起動が行われた時の映像では屋上を示す「R」になっていた。それはつまり、あの場にいた全員がパニックに陥るなか、誰かが四季の部屋を出て屋上へと向かった可能性を示していた。しかし、映像には誰も映っていない。そのことに萌絵は・・・。