アイドルを目指している小学生の一ノ瀬カノン。憧れの神崎マイと同じユニットになりたくてオーディションに参加する。頑張って歌ったらなんと! 最終審査に進めることになった! カノンは夢かな? なんて驚いていたら、一緒に参加していたアリスのママが急にネガティブジュエラーになってアリスを連れて帰ってしまう。アリスを助けたいカノンの前に音楽の国の妖精ポップンとアイドルのマイが現れる。ジュエルとミラクルポットを渡され「アイドル戦士×ミラクルちゅーんず!」になってアリスのママを元に戻そう! と誘われるのだった。

アイドルユニットのオーディションもいよいよ最終審査。そこでとびきりダンスの上手い橘フウカが現れる。カノンはフウカのダンスに一目で夢中になる。結果「ミラクルミラクル」に選ばれたのはカノンとフウカだった。マイは2人にアイドル活動をしながら「アイドル戦士×ミラクルちゅーんず!」になって一緒に世界を救おう! と話し始める。しかしフウカは戦いたくない! と言って断ってしまう。そんな時、フウカの通っていた小学校の先生がネガティブジュエラーにされて教室は大混乱になってしまう。どうする? フウカ?

ついにTV出演する事になったミラクルミラクル。しかも人気役者栗原リョウ君の番組という事で張り切る3人だった。収録日。マイがお菓子を作るという内容。ところがマイはめちゃくちゃな調理をしてしまい、とんでもないお菓子が出来上がってしまう。マイはなんでも上手く出来ると思っていたのでカノンとフウカはビックリ! そんな時リョウ君のファンがネガティブジュエラーにされてしまう。ネガティブなファンが増えてスタジオは大パニックになる。アイドル戦士×ミラクルちゅーんず! は無事にチューンアップして収録を乗り切れるか?