高校入学を機に一人暮らしを始めることにした主人公・夏目智春は、一見普通の高校生。人と違うところは、幼なじみの少女・水無神操緒が幽霊としてとり憑いていること。引っ越した初日に見知らぬ美女が訪れ、智春は彼の兄から託されたという銀色のトランクを渡される。その晩、謎の巫女装束の少女に襲撃を受け…。智春が手にしたこのトランクこそ、彼が世界の隠された真実と向かい合うきっかけとなるのだった。