異能――「エクシード」に目覚めた少女たち、「プログレス」の保護・育成を行う「青蘭学園」。繋がった5つの世界から集められたプログレスたちは、彼女たちの力を強化する能力を持った「αドライバー」とともに日夜訓練に励んでいた。

御影葵をはじめとする先輩プログレスとのブルーミングバトルを終えた紗夜たち。そして、些細な一言がきっかけで、紗夜と天音の関係には変化が生じる。 一方で、世界の敵「ウロボロス」とプログレスの戦いも本格化しようとしていた。

黒の世界「ダークネス・エンブレイス」に赴くことになった紗夜たち。そこでは、各世界にとって重要なエネルギーである「エクストラ」の減少が確認されていた。 調査を進める彼女たちの前に、立ちはだかったのは――。

ウロボロスの動向を調査するため、赤の世界「テラ・ルビリ・アウロラ」に向かう紗夜たち。そこで待ち受けていたのはエルエルの親友レミエルだった。闇堕ちしたレミエルはエルエルに「私たちは友達？」と問いかける。