ローガン／ウルヴァリンはニューヨークで恋に落ち、その後突然姿を消した日本人女性真理子を探しに来日する。真理子の父は九頭竜＜くずりゅう＞いうヤクザ組織の首領の矢志田信玄といい、犯罪都市国家「マドリプール」の権力者・黒萩と真理子を政略結婚させようとしていることを知ったローガンは、信玄邸に攻め込むが、戦闘の最中、針のような怪しい武器の攻撃を受け瀕死の状態となる。そんなローガンを助けたのが、謎の女・雪緒だった。ローガンの復讐は成就するのか。信玄との決着はつくのか。そして雪緒の正体は・・