殺人の任務後、思わぬ危機に見舞われたアメリカ人暗殺者。傷を負った彼は、ニホンザルの群れの中に身を隠す。口の悪い殺し屋を介抱するサルたち。群れの仲間の１頭が迫りくる危険を知らせようとするが、待っていたのは悲劇的な結末だった。

山での銃撃戦の後、モンキーの前にうっとうしい幽霊ブライスが現れる。幽霊は見えない紐で繋がれたようにモンキーから離れられないのだった。奇妙なコンビは復讐のため、そして不思議な結びつきをほどくため東京へと向かう。しかしブライスのことを知れば知るほど、そして戦いが困難になればなるほど、モンキーは自分の手に余る選択をしてしまったのではないかと恐れを抱く。

モンキーが殺しを拒否したことで、モンキーとブライスは復讐をめぐって対立。口論していた２人の前に不思議な老人が現れ、正しい道へと導く。カトウ司令官について調べた２人はカジノに行き着く。モンキーは人間の悪習に染まり、復讐の任務がおろそかになる。

手を組むことを余儀なくされたヤクザのボス４人は、モンキーに多額の懸賞金をかける。金を目当てに、凶悪な殺し屋たちが東京の端から端までモンキーを追う。モンキーとブライスがこの総攻撃を生き延びるには、武器だけでなく、互いの協力が不可欠となる。

警察から得た情報により、モンキーとブライスは、次の、そしておそらく最後の標的にたどり着く。しかし、東京じゅうに送り出された“替え玉”に惑わされ、任務は思った以上に難航する。そして新たに１人の女が東京に到着する。