M.O.D.O.K.

天才スーパーヴィランのモードックは、悪の科学帝国A.I.M.の運営と夫兼ティーンエイジャー2人の父としての役割をこなしているが苦労が絶えない。ついに財政難のためにA.I.M.を大手ハイテク企業グラングルに売却する。モードックは過ちに気づき会社を取り戻そうと、自らが小型化してグランブル社員のオースティンの体内に入る計画を立てる。しかし間違えて妻ジョディに体内に入ってしまい、計画は失敗。それでも界征服に執着する夫の姿に、妻ジョディは離婚をつきつけるのだった。

結婚生活を守るため、モードックはジョディとともに大学時代にタイムスリップし当時見逃したコンサートに連れていく。ついでにグランブルのボスを子どものうちに始末しておこうと寄り道をした際、モードックとジョディは大学時代のモードックに襲われ、成り行きでタイムマシンを失い2002年から戻れなくなってしまう。ふたりは和解するものの、そのまま元の時代まで月日が流れるのを待つ。

モードックはメリッサとルーを連れて、ホテルで開催されるグランブルのリーダー・カンファレンスに出席する。自分が主賓ではないことを知ったモードックは、メリッサに協力してもらい経営幹部が彼に敬意を払うように操作する。しかし、そのせいで危険な快楽主義のエイリアン、シーグリマイトたちが会場になだれこんでしまうことに。はじめはシーグリマイトたちのおかげで場が盛り上がるが次第にオーバーヒートした幹部たちが倒れていき…。

Aランクのヴィランではなくなってしまったモードックは憂さ晴らしへ。場末のバーでたまたま知り合った落ちぶれた悪党たちと徒党を組んでAランクへ返り咲こうと企むが、楽しい夜と身の上話を共有するうちに真の友情が芽生える。一方、ジョディはモードックを探しにA.I.M.に行きモニカと親しくなり、ルーはモニカの娘カーミラと出会う。時空を超えた大学生のモードックはスーパー・アダプトイドを誘拐する。

モードックは、グランブルによるA.I.M.の堅苦しい管理体制に不満を持ち、 モニカとともに新しいボスを引き下ろそうと企む。しかしモードックに対する憎しみを消し去れないモニカは彼を裏切ってしまい、モードックは皆の前でモニカとの一騎打ちに負けてしまう。結果、モニカは昇格、モードックは降格に。一方、モードックのいないジョディの人生は充実。動画が口コミで広まり有名になる。

ルーはバル・ミツバで得意の手品を披露しようとしているが、まともに育って欲しいと願うモードックに止められて、アスガルドに飛び込む。そこでルーはコボルドとして知られるゴブリンの部族に捕らえられるが、手品のおかげでリーダーとして迎えられる。一緒に家に帰ることを拒否されたモードックは、アスガルドの戦士の軍隊を指揮しコボルトを率いる息子と死闘を繰り広げることになる。最終的に和解し、理解を深めた二人は地球に戻る。一方、モードックにいつもこき使われているスーパー・アドプトイドは、タイムトラベルをしてきた若きモードックにそそのかされて同盟を結ぶことになる。