世界平和への第一歩としてアークステーション建設のため来日したトニー・スターク。日本国民に向けての記念セレモニーの場で新型機、アイアンマンディオの発表を行う。セレモニーは無事終わるが、新型機ディオが整備中に突如原因不明の暴走を起こし飛び去ってしまう。

輸送中の核が何者かによって強奪されるという事件に絡み、アークステーションの起動に核が必要なことから自身に核持ち込み疑惑がかけられていることを黒田防衛大臣から聞かされてしまうトニー・スターク。自らの濡れ衣を晴らすために奮闘するスタークは疑いを晴らすことができるのか!?

各地で巨大なトルネードが発生するという事件で、過去に田中知佳と共に気象に関する研究を進めていた坂本教授を尋ねる太田七海。取材を進めていく内にあるプロジェクトの名を口にする坂本。街を容赦なく破壊していく超ド級のトルネード!果敢に突入していくアイアンマン!

かつて死の商人として呼ばれ軍需産業のトップの座に君臨した男、トニー・スターク。彼は死の商人のイメージを払拭すべく、チャリティイベントと称し、モータースポーツへの参入を計画する。そのテストドライバーはレーサーとしての再起を絶望視されていたはずの川島という男だった。