時は宇宙時代を迎えた近未来。人類は豊富な資源を求め、スペースミッションのエキスパート集団「ZAP SPACY」を組織し、銀河の彼方へと進出していた。ZAP本部からの依頼で、通信が途絶えた惑星ボリスへと向った、ヒュウガ船長率いる宇宙船「スペースペンドラゴン」は、謎の干渉エネルギーを受け破損。不時着した荒廃したボリスの地で、生存者捜索中に、テレスドン×サドラ×レッドキングのバトルに遭遇する。驚くクルーたちの前に、満身創痍の謎の青年「レイ」が現われ、ゴモラを召還する。

#2: レイを追跡中、ジュランに襲われるオキとヒュウガ。彼らは怪獣リトラに助けられる。一方、ペンドラゴンの修理に必要な冷却コイルを探すハルナとクマノは、ゴルザの襲撃を受け…!?

#3: 惑星ボリスの荒野では、ネロンガとグドンが激しい死闘を繰り広げていた。一方、スペースペンドラゴンでは、レイを仲間に加えるかどうかをめぐって、ヒュウガとハルナが対立していたが…。

#4: 記憶はまだ戻らず、ときおり脳裏に蘇るのは、石化した謎の巨人の姿。果たしてその正体は何なのか？ そんなときベムスターの襲来！ 立ち向かうのは、レイが操るゴモラとリトラだ！

#5: ベラルゴシティで暴れるサドラにファイヤーゴルザを仕掛ける謎の女性ケイト。彼女は生存者アズサ・マキを装いヒュウガたちに接触する。だが、保護されていたアズサが突然失踪してしまう。

#6: とレイを脅迫するアズサ（ケイト）。クルーの命を守るため、無言でZAPから去るレイ。だがケイトは約束を破り、オキを人質にしてバトルを強要。そんなとき、彼女が呼び出したガンQの前に!?