3000年前、ギンガマンと星獣によって封印した宇宙海賊バルバンが、海底地震でよみがえってしまった。第133代目の星獣剣の戦士に選ばれた、ヒュウガ、ハヤテ、ゴウキ、ヒカル、サヤの5人。彼らは地球を守るためバルバンの前に立ちふさがった。しかし、ヒュウガはゼイハブ船長に敗れてしまう…。

ヒュウガを失った悲しみにひたる間もなく、リョウマらに次々と襲いかかる魔の手。封印が解けたのに魔獣ダイタニクスが復活しない、と焦るバルバンは、「ダイタニクスの復活にはエネルギーが必要」という結論に達する。早速魔人たちはエネルギーを集めに街へ出向くが、一方シェリンダには一つの企みがあった!

ギンガの森が湖の底に沈んでしまった。帰る所がなくなった5人は晴彦･勇太親子の紹介で、乗馬クラブで住み込みで働くことに。長老･オーギが残した種から、知恵の木モークが誕生する。そんな中、ギンガの森への想いを断ち切れぬゴウキ。そこへ地上の熱を奪いに襲い来る魔人リグロー。立ち上がれゴウキ!

武器を集めて“大暗黒剣”を作り、その力で魔獣ダイタニクスを復活させようとする魔人バクター。バクターは星獣剣を狙い、ギンガマンから奪うことに成功する。ヒュウガが命をかけて残した星獣剣を奪い返そうとリョウマは奮闘するが…。そして、傷ついたリョウマの前に今、新たな力が。その名は自在剣“機刃”…。

リョウマ達は星獣のところへキャンプに行き、“機刃”の武器以外の大きな力について訊ねる。しかし、なぜか星獣たちはそれに答えてくれない。一方、地球を毒の星にしてしまおうと企む魔人タグレドーの毒が町中に…! 星獣達は自分の命を引き換えにみんなを助けようとする。そして、星獣達は石のような姿になり…。