アーケードゲーム「メガレンジャー」で遊んでいた高校生･伊達健太は世界科学連邦I.N.E.T.にスカウトされ、研究所に連れて行かれた。一方、健太と同級生の男女4人もその研究所を訪れていた。そんな時、異次元からの侵略者･ネジレジアが研究所を襲い、瀕死の久保田博士は高校生5人にデジタイザーを渡す。

メガレンジャーの活躍によってシャトルは宇宙へと飛び立ったが、地上にはまたネジレ現象が現れようとしていた。たまり場にしていたゲーセンが破壊された健太は一人、ネジレ獣･エイネジレに立ち向かっていく。いいように翻弄されてしまう健太だったが、仲間たちが駆けつけ、5人は再びメガレンジャーに変身して戦う。

俺は抜けると言って、瞬が耕一郎にデジタイザーを渡した。瞬を追った健太は、彼がコンピューターグラフィックスに夢をかけていることを知る。そんなとき、サイネジレの攻撃がCGセンターにも及び、瞬のCGプログラムは破壊されてしまう。瞬の夢はどうなるのか? メガレンジャーはまた5人で戦うことができるのか?

張り切る耕一郎に、残る4人はちょっと呆れ気味だった。一方、ネジレジアはインターネットを使い、人間のネジレ教育を進めようとしていた。そんな中、健太を助けようとして耕一郎は負傷してしまう。健太たちは自分たちで敵のアジトを突き止め乗り込むのだが、それはシボレナの罠だったのだ!

I.N.E.T.常任理事会からメガレンジャーを高校生で続けることに疑問が出され、ギャラクシーメガには自動操縦プログラムが組み込まれた。一方、デスネジロではメガサーベルの破片を元に、強固な体を持つエビネジレを作り出していた。プログラムでしか動けないギャラクシーメガはメガサーベルを封じられて苦戦する。

みくは、同級生のシンタロウから「おまえのもうひとつの姿を知っているぞ」と脅される。一日デートにつきあえば、秘密の写真を返すというのだが、デート中にネジレ獣･ゾウネジレが現れてしまう。閉じ込められたみくは、シンタロウと一緒なので変身できない。そんな時、久保田博士がデジタンクを使うよう指示を出す。