ミラーワールドのモンスターに狙われた人々が襲われる事件が発生。事件を追っていたジャーナリストの卵･城戸真司は奇妙なカードデッキを拾ったことをきっかけに、モンスターと戦う能力を持った「仮面ライダー」となり、激しい戦いに巻き込まれていく…。

ミラーワールドからなんとか脱出した真司だが、その日から龍の影につけ狙われていた。神崎優衣は真司に「封印」のカードを渡し、これで龍型のモンスターを封印すれば、訳の分からないことに巻き込まれずに、これまで通りの暮らしを続けられると教える。

仮面ライダー龍騎となった真司。彼の許に現われたのは、行方不明になった優衣の兄･神崎士郎だった。カードデッキと仮面ライダーをつくり出した男。士郎は「ライダーを倒すんだ」と、謎めいた言葉を真司に残す。そんな兄の真意を疑う優衣に、真司は…。

少女を襲うダークウイング。蓮はモンスターを強化しようとするあまり、ダークウイングに人間を襲わせているのか? 真司の疑念をよそに、蓮の不審な行動は止まらない。だが優衣は真司の言葉に耳を貸そうとしなかった。そして、真司は蓮との対決に臨む。

姿を現した第3のライダー、仮面ライダーシザース。蓮は、失踪中のアンティークショップ店長･加賀をシザースの正体とにらみ、その行方を追っていた。シザースに戦いを挑むナイト。戦いしか考えない蓮に反発する真司は、シザースとの対話を求めるが…。

蓮が追っていたシザースの手がかりは断ち切れた。そして優衣に忍びよるシザースの影。一方、仮面ライダーは互いに戦わなければならないという神崎士郎のつくり出した過酷なルール。そのことを一度も真剣に取らなかった真司だが…。