クワンティコ／FBIアカデミーの真実

意外な人物の手引きで逃亡できたアレックスだったが、リアム率いるFBIは彼女を捕まえようと総動員体制を敷く。もうアレックスには、自ら真犯人を見つけることしか無実を証明する術がなかった。そんな折、協力してくれるはずだったアカデミー時代の同期生ライアンに裏切られ、アレックスはついにテロリストとして全米に指名手配されることに! 一方で、【現在】のクワンティコではFBI捜査官になるための訓練が本格化し、好成績を残したアレックスがさっそく頭角を現した。

逃亡中のアレックスは、ライアンの助言でサイモンと再会し、真犯人捜しの協力を求める。証拠品に残されたアレックスの指紋を調べるうちに、クワンティコの演習でついた傷痕がないことが判明。アレックスを陥れた犯人の計画は、なんとクワンティコに入学した時から始まっていたのだ! 一方で【現在】のクワンティコでは、プロファイリングでお互いを厳しく評価し合ったため研修生たちの間がギクシャク。しかし教官のミランダには、もう1つ別の狙いがあった。

サイモンの協力を得て真犯人捜しを続けるアレックス。その中で浮かび上がったのはアカデミー時代の親友、シェルビーの関与だった。さらには“まさかこの人まで”と思う人物までが自分をワナに掛けようとしていることを知る。一体誰が本当の味方で、誰が敵なのか。そしてついにアレックスに射殺命令が!【現在】のクワンティコの訓練は人質救出作戦。それまで順調に実績をあげていたアレックスだが、リアムの思惑に乗せられ、大きな挫折を味わうことになる。

このままでは発見と同時に射殺されてしまうアレックス。何とか世間に自分の潔白を伝えようと、ハッカー集団アンノウンと接触し無実を訴えるメッセージを放送する。しかし、その最中に拠点をFBIに探知され、取り囲まれてしまう。この絶体絶命のピンチをアレックスは切り抜けられるのか? そして彼女が取った奇策とは?【現在】のクワンティコでは潜入捜査の演習で別人を演じる研修生たち。役になりきる者、真実の姿をさらす者、それぞれの夜が更けていく…。

FBI指令センターでは爆破テロ監視カメラ映像の分析が進められていた。だがしかし、担当者として舞い戻ったケイレブには、証拠探しとは別の思惑があった…。同じ頃、ハッキングに成功しその映像を盗み見したアレックスは、グランドセントラル駅で見慣れた顔を発見。ついに真犯人を突き止めたと確信する。果たしてその人物とは? そして【現在】のクワンティコでは監視演習が実施され、アレックスは張り込み中にライアンの正体を知ってしまう。