国民的人気歌手・北見永士（横山涼）がライブ会場の控室で死んでいるのが発見された！だが、事件現場からは指紋もろくに採れず、北見の遺体が唯一の証拠と言っても過言ではない状況・・・。そこで、警視庁捜査一課の管理官・和泉千聖（松雪泰子）は遺体をすぐさま、死因究明に特化した国家機関「日本法医学研究院」へ搬送するよう指示を出す。一方、地道な捜査を続ける警視庁捜査一課の刑事・高橋紀理人（高杉真宙）は、北見がただの病死ではないとにらむ。所属事務所の社長・会田幹彦（猪野学）、そして第一発見者であるスタイリスト・宮島清花（柳美稀）がそれぞれ、北見と揉めていたとの情報を入手したからだ。しかし、紀理人から報告を受けた千聖は、解剖結果が出るまで捜査は一旦保留だと一蹴し・・・。そんな中、「日本法医学研究院」の院長・兵藤邦昭（西田敏行）はもっとも信頼する解剖医・柚木貴志（大森南朋）に、北見の司法解剖を一任する。

殺された国民的歌手・北見永士（横山涼）の司法解剖をめぐる騒動を受け、国立大学の法医学教授だった伊達明義（仲村トオル）が「日本法医学研究院」の新院長に就任。北見の死因について、伊達の解剖結果とは異なる“窒息死”を主張した解剖医・柚木貴志（大森南朋）は、埼玉中央医科大学に飛ばされてしまった。あれから1カ月――。新人解剖医・中園景（飯豊まりえ）は柚木の弟子になりたい一心で、埼玉へ。なんと、北見が窒息死だったと証明できる唯一の証拠品＝青い繊維を「日本法医学研究院」から盗み出し、柚木のもとへ持ち込む！だが、柚木は「それだけでは何の意味もない」と言い捨て・・・。

「日本法医学研究院」院長の伊達明義（仲村トオル）直々の指名で、解剖医・柚木貴志（大森南朋）は新人の中園景（飯豊まりえ）が担当する司法解剖に立ち会うことに。その裏で、伊達は副院長の橘祐輔（淵上泰史）を呼び出し、警視庁組織犯罪対策四課から託された射殺体の解剖を依頼する。被害者は暴力団員・千葉雄一（諫早幸作）。千葉は歓楽街のスナック店内で、腹部と眉間を撃たれて死亡。被疑者の暴力団員・伊沢明夫（高尾悠希）は逃走中だが、現場にあった薬莢から凶器はロシア製トカレフで、組員同士の抗争だと推測されるという。説明を受けた橘はさっそく解剖を開始するが、どういうわけか、わずか20分で終了！捜査内容および現場の状況と一致する、との結論を述べる。

過去に「慶徳小笠原病院」で起きた医療ミス事件で、「日本法医学研究院」が解剖結果をねつ造した――そんな不穏かつ執拗な書き込みが「日本法医学研究院」のホームページで見つかった。ひどく狼狽した院長・伊達明義（仲村トオル）は前院長・兵藤邦昭（西田敏行）に連絡。報告を受けた兵藤も動揺を隠せず・・・。そんな中、奇妙な事件が起こる。2人の男性がほぼ同じ時刻に別々の場所で、突然倒れて死亡したのだ！

25年の時を経て浮上した「慶徳小笠原病院」の現院長・小笠原達三（篠井英介）による医療ミス疑惑および、「日本法医学研究院」の元院長・兵藤邦昭（西田敏行）の解剖結果ねつ造疑惑。さらにここに来て「慶徳小笠原病院」の医師2人が同時期に遂げた不審な死、そして兵藤の突然すぎる自殺・・・。得体の知れない闇が渦巻く中、解剖医・柚木貴志（大森南朋）は兵藤が自殺する前に伊達明義（仲村トオル）と会っていたことを知る。兵藤は柚木にとって、かけがえのない恩人。その兵藤がなぜ死を選ばなければならなかったのか・・・。そもそも、兵藤は本当に自殺したのか・・・。とてつもないショックを受けると同時に、事の経緯が解せない柚木は伊達を追及する。だが、伊達からは答えを得られず・・・。

法医学の未来を守るため解剖結果をねつ造してしまった柚木貴志（大森南朋）は自責の念にかられ、「日本法医学研究院」を辞職。その矢先、女性会社員が何者かに金槌で頭を殴られ死亡する事件が起こった。しかも、遺体を調べた新人解剖医・中園景（飯豊まりえ）は、首元に残された「20P」という文字を見てがく然とする。何を隠そう3年前、同じような犯罪の餌食となり、未だ意識が戻らない景の妹・優（黒崎レイナ）の首にもまた、「5P」という文字の痕が残っていたのだ！