度重なる試練を乗り越え、新西暦を迎えた人類。だが、地球には新たなる危機が迫っていた…。時は新西暦186年、リュウセイ・ダテは、アーケードゲームの大会に出場するが、そこで謎の機動兵器と遭遇。そして、絶体絶命となる彼の前に、地球連邦軍のパーソナルトルーパーであるゲシュペンストMk-IIが現れて…。

新西暦と呼ばれる時代。地球圏でのDC戦争、L5戦役という大きな戦いが終結してから半年後。キョウスケ率いる地球連邦軍特殊作戦PT部隊「ATXチーム」は、事結社DCの残党討伐任務を遂行するため、極東地区へ赴く。そこで、彼らが見たものとは…？

DC残党との戦闘中、アンジュルグという特機に乗って現れた謎の美女、ラミア。敬語が上手く使えないという妙な癖を持ち、素性が定かでない彼女にキョウスケは疑念を抱く。一方、戦闘母艦シロガネは逃亡したDC残党部隊を捕捉。ATXチームに出撃命令が下る…。

DC残党部隊との戦闘で中破する母艦シロガネ。キョウスケたちは敵側の潤沢な戦力に疑いを持ち、黒幕の存在を感じる。一方、DC残党の本拠地であるアフリカ地区の巨大地下人工冬眠施設アースクレイドルには、次々と戦力が集結しつつあった…。