惑星Zi・エレミア砂漠。バンは、たまたま出くわした野良ゾイド「ガイサック」を操る盗賊に、格好の餌食となって襲われていた。必死に逃げるバンは、朽ち果てた遺跡へと逃げ込む。遺跡の崩れた壁の向こうに、偶然隠し部屋を発見したバン。そこには、カプセルが2つ並んでいた。しつこい襲撃から身を守るため、バンは祈るような気持ちでそのスイッチを押す。そこから生まれてきたのは、見たこともないT-Rex型ゾイド。バンはそのゾイドをジークと名付け、一緒に盗賊を撃退しようとするのだが…

ジークの不思議な力で壊れたシールドライガーが甦り、盗賊を追い払うことが出来たバン。ジークと、もう一つのカプセルから出てきたフィーネを自分のコロニーに連れて帰り、家に置いてもらえるよう姉のマリアに頼み込む。ところが、ジークの能力に眼を付けた盗賊達はコロニーを襲い、ジークを差し出すよう村人達を脅す。止めようとしたマリアは、盗賊に人質としてさらわれてしまう。マリアを助けに村を飛び出そうとするバンだが、危険過ぎると皆に引き止められ、ジークは長老に連れられていく。「ジークを、あいつらに渡しちゃいけない！」やっとの思いで皆を振り切り、フィーネとともにシールドライガーに飛び乗り砂漠に向かうバン。そこには、盗賊に攻撃を受けるマリア達と、電気鞭を受けて倒れたジークの姿があった。

ジーク、フィーネと共に旅に出たバン。フィーネが底なしの蟻地獄にはまってしまった時、間一髪のところで、コマンドウルフを操る青年アーバインに助けられる。彼は砂漠で捜し物をしているのだという。アーバインと別れ、まるでジャングルのように植物が生い茂る、風化した遺跡にたどり着いたバン達。踏み込もうとしたとき、一匹のホワイトゴルドスが彼らを襲う。どうやら遺跡に入らせないようにしているらしいが、コクピットには人の姿がない。何とか遺跡内に入り込んだバンは、この遺跡が50年前に捨てられたかつての要塞であることに気付く。「なんてこった…あいつは50年もの間、たった一匹でこの砦を守ってたんだ。」その時、大きな爆発音とともにホワイトゴルドスの咆哮が聞こえた。闘っている相手は、昨日フィーネを助けてくれたコマンドウルフ。実はアーバインもまた、ジークの能力を狙う一人だったのだ。

砂漠を、水を求めてさまようバン達。「あっちに水の香りがする」と、またも不思議なことを言い出すフィーネ。ついていくと、本当に牧草地のレイクコロニーを発見。大喜びで湖に飛び込むバンだが、アーバインが現れ一瞬身構える。しかし彼は、今はこのオアシスを盗賊から守るために村人に雇われた用心棒だという。バンは水のお礼に自分も手伝うと言い出し、アーバインは渋々承知する。村長の話では、かつて村はもっと栄えていた。しかし、営利を目的に水脈を乱掘した者達がいたため地盤沈下が起こり、村の一部は廃墟となってしまったという。気配に気付いたジークが吠えると同時に、盗賊の一団「デザルト・アルコバレーノ」の姿が砂塵の中に現れた。盗賊達を相手に、息のあった攻撃を見せるバンとアーバインだが、バンのシールドライガーはついに敵に囲まれてしまう。絶体絶命の瞬間、バンは村長の水脈の話とフィーネの自然を感じる不思議な力を思いだし、ある戦略に出るのだった。

バン達は、偶然、荒野の「運び屋」のムンベイに出会う。彼女のゾイドは頑丈な装甲のグスタフ。「届けられなかった荷物はない」というのが彼女の自慢だが、ずいぶんと今まで危険な橋を渡ってきているようだ。いきなり野良ゾイドのガイサックに襲われるバン達とムンベイ。シールドライガーが集中攻撃を受け、バンはジークと合体出来ずにやられる一方。グスタフの操縦席にガイサックの一撃が、という瞬間ガイサックが吹っ飛び、コマンドウルフが現れる。またもアーバインに助けられたバンだが、ムンベイとアーバインは知り合いの様子。2人は、さっきのガイサックが野良ゾイドではないことに気付いていた。奴らはムンベイの荷物、帝国軍側の爆薬を狙った共和国軍のスリーパーだったのだ。案の定、明け方にガイサックの大群が現れ奇襲をかけてきた。丸腰のムンベイは荷物を守り、逃げるばかり。敵の数が多すぎてバンとアーバインも形勢不利な状況に追い込まれる。しかし、危険を犯しても自分を守ろうと戦う2人を見て、ムンベイはとうとう荷物を捨てる決心をする。

一緒に旅することになったバン達とムンベイ。レッドリバーの畔、ひと休みしていると、ゴルドスに乗った共和国軍大尉のロブ・ハーマンの一行が現れ、ムンベイの積み荷を調べさせろと言う。遺跡で起こった大爆破と、軍のガイサックを粉々にした犯人を探しているのだ。しかも爆薬が帝国軍側のものと分かって、スパイの疑いまでかけられていた。ジークだけは何とか逃がしたものの、全員基地に連行され、投獄されてしまう。ジークは、バン達を助けようと基地へ向かい、シールドライガーと合体する。突然暴れ出すシールドライガーに基地内は大混乱し、その隙にバンとアーバインは牢から脱出する。しかし、バンもアーバインもプテラスの空からの攻撃になす術がなく、アーバインはもう逃げるしかないと指示する。あきらめ切れないバンは、イチかバチかシールドライガーで、渓谷の岩壁を駆け上がり、プテラスに向かって思いっきりジャンプ！プテラスの目の前に舞い上がり、一撃でたたき落とす。信じられない光景に驚くアーバインだが、「コマンドウルフを踏み台にしろ！」と自らもプテラスに向かってジャンプするのだった。