近未来。突如、西太平洋上に現れた超巨大な停滞性台風、グランドロア。その誕生に伴って発生した海面の上昇、海流の変化、気候の変動などの気候変化は、世界各地に深刻なダメージを与えた。この自然災害を人々は“ケース・オメガ”と呼び、その大きな傷を歴史に刻んだ。それから50余年。人類は血の滲むような努力により復興を成し遂げ、世界は第二の大航海時代を迎える。しかし、海洋発展の裏に暗躍するテロリスト＝“海賊”たちの台頭を許してしまう。その脅威に対応するため、民間企業にも武装した自衛機関が組織されるようになった。これは、海賊の脅威に、民間所属の護衛艦に乗って立ち向かう少女たちの物語である。