浅間山に謎の巨大宇宙生命体が現れ、日本軍は壊滅的打撃を受けていた。死んだはずの早乙女の下、集結するドラゴン軍団。それを迎え撃つBT-23だったが、力の差は歴然としていた。武蔵と弁慶、そして早乙女殺しの容疑で投獄されていた竜馬は、自らの目で早乙女博士の復活を確かめ、その野望を阻止しようと立ち上がる。