東京湾岸地域を壊滅状態にした「リュンカ事件」から一ヶ月。宇宙連邦捜査官のバーディーと、高校生千川つとむは相変わらずの「二心同体」生活を送っている。そんなある日、バーディーに新しい任務が下った。地球に逃亡したと思われる脱走犯を見つけ出し、逮捕するというもの。彼らは先のリュンカ事件の首謀者だった。一人の脱走犯の潜伏先を突き止めたのだが、しかし見つけたのは既に冷たくなった脱走犯の姿だった・・・。連邦側でも脱走犯側でもない、別の影が蠢いていることを感じるバーディー。そんな中、バーディーはある懐かしい人物と会う。それは幼い日々をともに過ごし、まるで兄弟のように仲の良かった人、ナタルだった。思わぬ場所での再会を素直に喜ぶ二人。この再会が新なる事件を呼び、そしてバーディーにとっては忌まわしい過去の記憶の扉を開くことになるとも知らず――。（C）ゆうきまさみ・小学館／PROJECT BIRDY